Recherche et valorisation
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Équip@meso lance son premier appel à projets

À l’occasion de l’installation prochaine d’un supercalculateur à Strasbourg dans le cadre de l’équipement d'excellence Équip@meso, le comité scientifique du centre de calcul haute performance de l’Université de Strasbourg (mésocentre HPC) lance l’appel à projet "Méso-challenge@unistra".

Équip@meso a été labellisé début 2011 suite à la première vague d’appel à projets « équipements d’excellence » des investissements d’avenir. Doté d’un financement de 10,5 millions d'euros sur dix ans, il fédère dix partenaires universitaires et académiques partout en France dont l’Université de Strasbourg. L’objectif de ce consortium : donner accès à la communauté scientifique et aux entreprises à un service d’excellence de simulation et de calcul intensif pour faire avancer leurs recherches.
Le mésocentre HPC de l’Université de Strasbourg créé en 1997 et hébergé à l’IUFM de la Meinau depuis fin 2008, est partenaire d’Équip@meso et entre aujourd’hui dans la phase d’installation d’un nouveau supercalculateur. « L’arrivée de ce supercalculateur permet de multiplier par trois la puissance de calcul totale du mésocentre », s’enthousiasme  Hervé Wozniak1. « La machine, qui sera installée à partir du mois de janvier, sera accessible gratuitement à toutes les équipes de recherche des laboratoires des universités alsaciennes. »

120 années de calculs réduites à 2 semaines et demies

Néanmoins, avant son utilisation en routine, la machine doit être soumise à une phase de vérification qui consiste à pousser la machine à ses limites. C’est pourquoi le comité scientifique du mésocentre HPC de Strasbourg a décidé de lancer son premier appel à projets baptisé Méso-challenge@unistra. « La machine sera entièrement dédiée au(x) projet(s) lauréat(s), ajoute Romaric David2. L’équipe lauréate bénéficiera d’environ un million d'heures de calcul, soit deux semaines et demies. Cela représente 120 années de calculs sur un ordinateur de bureau ! »
La simulation et le calcul intensif concernent tous les domaines de recherche. Plus de 40 équipes de recherche strasbourgeoises, tous domaines confondus, ont déjà travaillé avec le mésocentre. Le pôle HPC de la Direction informatique les accompagne dans la préparation de leurs projets, l’utilisation des machines et dans l’exploitation des résultats. Au-delà de cet équipement exceptionnel qui permettra un véritable saut qualitatif ou quantitatif à de nombreux projets scientifiques, le projet Équip@meso permettra également de mieux structurer l’offre de calcul disponible à Strasbourg, d’optimiser les ressources accessibles et de mieux sensibiliser et former la communauté universitaire.

Anne-Isabelle Bischoff

1 Directeur de l’Observatoire astronomique, président du comité scientifique du mésocentre HPC
2 Responsable du pôle HPC de la Direction informatique de l’Université de Strasbourg

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Deux anciens étudiants lauréats du prix Le Monde de la recherche universitaire

Apoli Bertrand Kameni et Zacharie Duputel, deux anciens étudiants de l’Université de Strasbourg, ont été récompensés par le prix Le Monde de la recherche universitaire qui valorise les travaux de jeunes chercheurs francophones susceptibles d’influencer l’environnement scientifique, économique, social et/ou artistique.

Le jury, co-présidé par le sociologue et philosophe Edgar Morin, a désigné cinq lauréats en sciences humaines et sociales, dont Apoli Bertrand Kameni, docteur en science politique de l’Université de Strasbourg, pour sa thèse intitulée Sécurisation des approvisionnements internationaux en minerais stratégiques et insécurité en Afrique.

Décernée pour la première fois cette année, la mention spéciale Google a été attribuée à Zacharie Duputel, titulaire d'un diplôme d'ingénieur de l'EOST et d'une thèse obtenue l'an passé au sein de l'Institut de physique du globe de Strasbourg, pour sa thèse Détermination rapide des paramètres de la source des grands séismes à partir de la phase W. Cette mention est réservée à "des travaux de recherche universitaire innovants, qui proposeront des solutions concrètes de nature à simplifier la vie quotidienne du grand public.
L'Actu reviendra prochainement plus en détail sur le contenu de leurs thèses.
Les prix de cette quinzième édition ont été remis jeudi 15 novembre 2012, au Monde, en présence de la ministre de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, Geneviève Fioraso.

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Diagnostiquer des maladies respiratoires par simple prise de sang

14 novembre : journée mondiale de la BPCO

Selon l’Organisation mondiale de la santé,  la bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO) deviendra la troisième cause de décès dans le monde d’ici 2030. Cette maladie pulmonaire affectant le processus normal de la respiration est souvent mal diagnostiquée ; ce qui est d’autant plus grave que les dégâts causés sont partiellement irréversibles et engagent le pronostic vital. Les résultats des travaux de Nelly Frossard1 devraient permettre de mettre au point un kit diagnostic pour l’identification et le suivi de cette maladie.

Les travaux de recherche de Nelly Frossard portent depuis toujours sur les maladies inflammatoires chroniques des voies aériennes, en particulier sur l’asthme et plus récemment sur la BPCO. Cette dernière affecte des personnes de plus de 40 ans et est principalement due au tabagisme, même passif, et aux fumées dans des milieux intérieurs confinés. Pour un médecin, établir un diagnostic différentiel entre ces deux pathologies oblige à des examens souvent éprouvants pour les patients. « Ces deux maladies intéressent le même territoire mais ont des profils inflammatoires différents. En effet, on retrouve des populations de cellules inflammatoires différentes que ce soient dans la paroi bronchique, le lavage bronchoalvéolaire, les sécrétions bronchiques ou au niveau sanguin, explique la chercheuse. Ce constat nous a incités à rechercher des biomarqueurs qui permettraient de différencier et faire un suivi facile et rapide de ces deux maladies ». Ce sont les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG), une classe particulière de récepteurs exprimés à la surface des cellules, qui ont intéressés en particulier Nelly Frossard et ses collaborateurs2. En effet, ces récepteurs sont impliqués dans la transmission d’informations au sein des cellules et plusieurs dizaines n’ont pas encore de fonction identifiée.

Un biomarqueur sanguin de la BPCO identifié

Pour réaliser leur étude et identifier des biomarqueurs spécifiques à chaque maladie, les chercheurs ont prélevé d’une part le sang de patients atteints de BPCO et de sujets vivant dans le même environnement que ces patients (conjoints, voisins, etc.). D’autre part, ils ont également fait appel à des patients asthmatiques et à des sujets « contrôles » ayant un lien génétique (fratries, ascendants, descendants, etc.). « Nous avons procédé à une analyse exhaustive de l’expression de l’ensemble des RCPG3, soit environ 380 gènes ! Ce type d’analyse est rendu possible aujourd’hui grâce aux technologies d’amplification de l’ADN complémentaire en microfluidique à haut débit. À notre grand étonnement, un seul gène, baptisé GPR-AB - pour Asthme-BPCO - a montré une expression différentielle entre les différents groupes de patients, souligne Nelly Frossard. GPR-AB est surexprimé chez les patients atteints de BPCO et sous-exprimé chez les asthmatiques. Nous avons donc mis en évidence un biomarqueur sanguin potentiellement spécifique de la BPCO. »

Un kit diagnostic et pronostic

Début 2012, la Satt Conectus Alsace a accordé un financement de 193 000 € sur 18 mois afin de permettre à l’équipe de recherche de valider ce biomarqueur, de vérifier sa spécificité et sa sélectivité en recrutant des patients supplémentaires pour chacune des deux maladies, ainsi que des patients atteints d’autres maladies inflammatoires chroniques. « Une fois validée la solidité de notre biomarqueur, notre ambition sera de mettre à disposition des laboratoires et des médecins, un kit de diagnostic simple et peu coûteux, permettant une détection précoce et un suivi de la progression de la maladie et donc une meilleure prise en charge des patients », conclut Nelly Frossard. La chercheuse espère même proposer un test pronostic permettant de juger de l’efficacité des traitements et de prédire l’évolution de la maladie.

Anne-Isabelle Bischoff

 
1 Directrice de recherche de l’Inserm au sein du Laboratoire d'innovation thérapeutique (UMR 7200 Université de Strasbourg/CNRS).
2 Jacques Haiech, Jean-Luc Galzi, Romain Kessler, Christine Lehalle à Strasbourg, Antoine Magnan à Nantes et Pascal Chanez à Marseille, sont les partenaires de cette étude multicentrique.
3 Hors récepteurs de l’odorat et du goût.

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Accord entre le CNRS et Conectus Alsace pour la valorisation de la recherche

Le 29 novembre 2012, le CNRS et Conectus Alsace®, Société d’accélération du transfert de technologies (Satt), ont signé une convention de collaboration portant sur la valorisation des résultats de recherche des unités sous tutelle CNRS basées en Alsace.

À travers cette collaboration, la première que le CNRS signe avec une Satt, le CNRS confie ainsi à Conectus Alsace® la gestion de la propriété intellectuelle et de la maturation. Les chercheurs bénéficieront d’interlocuteurs dédiés et de proximité sur ces questions et surtout d’un potentiel d’investissement important pour financer la preuve de concept de leurs projets, selon les termes de Nicolas Carboni, président de Conectus Alsace®. D’après Gaëlle Bujan, déléguée régionale du CNRS, ce partenariat permettra de construire conjointement une stratégie concertée de co-investissement et de valorisation prenant appui sur les portefeuilles de brevets constitués par le CNRS au niveau national.

Concrètement, Conectus Alsace® est en charge pour le compte du CNRS de la gestion exclusive des déclarations d’invention, la protection et la maturation des résultats de recherche valorisables dans le monde socio-économique. Conectus Alsace® gèrera également la valorisation des droits de propriété intellectuelle afférents sur le périmètre de ses laboratoires alsaciens.

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Doctorants : apprendre à valoriser ses compétences dans le monde du travail

L'Espace Avenir organise un programme de valorisation des compétences en direction des doctorants.

L'Espace Avenir organise le programme Valorisation des compétences, NCT® destiné aux doctorants en troisième année (ou plus) avec le soutien du Collège des écoles doctorales et en partenariat avec l’ABG-Intelli'agence.
Il s'agit de permettre au doctorant de faire le point sur ses compétences et de mettre en valeur son expérience doctorale en analysant la thèse dans une optique de projet professionnel, identifiant l’ensemble des compétences, y compris transversales et transférables, développées dans le cadre de la thèse et les valoriser dans une situation de recrutement et en précisant les pistes professionnelles.
Ce programme s'adresse aux doctorants de toutes disciplines susceptibles de soutenir leur thèse entre mai 2013 et décembre 2014, quelle que soit la carrière à laquelle ils se destinent (secteur privé ou académique). Ils sont encadrés  dans ce travail de bilan par des consultants en ressources humaines. Environ 45 doctorants de l’Université de Strasbourg pourront participer à nouveau à ce programme.

  • Les doctorants intéressés doivent saisir leur proposition de candidature sur le site  d’Intelli'agence, signer leur engagement, faire viser cette proposition par leur directeur de thèse, puis la communiquer au secrétariat de leur école doctorale dès maintenant et au plus tard fin décembre 2012.

L’exercice proposé relève de la décision du doctorant et n’entre ni dans l’évaluation de la thèse, ni dans l’obtention du doctorat. Il mobilise le doctorant l’équivalent d’environ sept à dix jours de travail  essentiellement personnel, répartis sur une période allant de fin mars à fin juin 2013. Le doctorant s’engage à mener l’exercice à son terme dans les délais impartis.

  • Contact : Hafida Lrhezzioui, responsable du programme Valorisation des compétences, NCT®, Espace avenir, 03 68 85 70 32, hafida.lrhezzioui@unistra.fr.